Thomas Indermühle nació en 1951, hijo de una familia de músicos, estudió con Heinz Holliger en la Universidad de Música de Friburgo en Breisgau, y después con Maurice Bourgue en París.
Trabajó de oboísta solista durante algunos años con la Orquesta de Cámara Neerlandesa en Amsterdam y con la Orquesta Filarmónica de Rotterdam.
En 1974 fue galardonado con un premio el el Concurso Internacional de Praga. En 1976 ganó el Concurso Internacional de la ARD en Munich.
Desde entonces toca como solista en casi todos los países europeos, en los EE.UU., en México, Canadá, Japón, Corea y Australia. Importantes compositores como Wolfgang Rihm, Manfred Trojahn, Akira Nishimura y David Philip Hefti han escrito conciertos para oboe para él. Indermühle da mucha importancia también a su «Ensemble Couperin“, a su actividad de director de orquesta y a su ocupación con los estudiantes.
Desde 1984 es responsable de una clase de oboe en la Universidad de Música de Zurigo. En 1989 fue nombrado catedrático en la Universidad de Música de Karlsruhe.
Ha realizado numerosas grabaciones de discos para Philips, EMI, Claves, Novalis y Camerata Tokyo.